流感的病毒根据结构特征分三类，即甲型、乙型和丙型。再进一步分类，甲型流感病毒又可以分成H5N1型、H5N7型等等，这里的“H”和“N”都是病毒表面突起物的简称。其中Ｈ共有15种，N共有9种，从理论上说，甲型流感可分为135种之多。
H、N型和流感的甲乙丙类型相区别被称为亚型，香港流感H3N2型，苏联流感H1N1型是近40年内出现的亚型流感。
在自然界的鸟类和哺乳类动物，甲型流感病毒分布甚广，在野鸭身上人类发现了亚型的许多种病毒，但野鸭并不发病，病毒生存于野鸭的肠子内。虽然野鸭身上的病毒一般来说不会传染给人，然而，人类的甲型流感的最初起源仍被认为是野鸭。
目前，人们已经清楚H5、N7型病毒是高致病性病毒，到现在为止，在人与人之间传播的流感还没有H5型，因此，人们担心HN型病毒变异成在人际流行的病毒。对于人类过去曾发生过的流感病毒，人感染之后免疫系统会在某种程度发挥作用，阻止病情恶化，而对于到目前为止人类没有遭遇过的流感病毒，由于人类体没有抗体，免疫不起作用，容易造成更大的危害。
禽流感偶尔也会由鸡传染给人，目前，在越南、泰国、印尼等国家已有数十人因感染禽流感致死，但在人际间还不会流行，只有病毒基因突然发生变异之后才会发展成为由人传染给人的新型流感，在人际广为流行。专家认为，禽流感对鸡和猪反复感染发作，人和猪被鸡反复感染的过程中，病毒基因有可能发生变异。根据美国的最新研究，1981年至1920年导致数千万人死亡的西班牙流感就是由禽流感病毒变异所致，现在的问题是H5N1型禽流感病毒也有可能发生这种变异，因此，预防新型流感的关键是扼制禽流感的扩散。
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